GROMCS2021の動作検証
- 2021年1月31日
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2021/1/28にリリースされたGROMACS 2021のインストールと動作検証を、クラウドの計算機を使って実行しました。 比較的小さい系ですが、仮想48CPUコアの計算機で、1nsのMD計算を10 …
AWSとmyPrestoでのインシリコスクリーニング 資料
- 2020年11月30日
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CBI学会2020年大会の企業セッションES-13での発表で使用したスライドを公開します。 AWSのParallel Clusterでクラウド上にPCクラスターを構築し、そこでスクリーニング 計算を実 …
myPrestoPortalのLinuxでの動作状況
- 2020年9月29日
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AWSで、CentOS7/8、Ubuntu18/20、AmazonLinux2のデスクトップ環境をそれぞれ作成し、myPrestoPortalの動作検証を行いました。 (2020/9/29) 動作検証 …
分子シミュレーション環境設定
- 2020年5月31日
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Amazon Web Service (AWS)で借りたクラウドサーバーに、分子シミュレーション関係のプログラムをインストールして、リモートデスクトップ接続で利用可能な環境を構築してみました。このペー …
新型コロナウィルス・メインプロテアーゼのMD計算
- 2020年2月13日
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新型コロナウィルス・メインプロテアーゼの分子動力学計算(MD計算)を実行しました。 100psecのMD計算です。 下の3つの動画は、全て同じ計算の結果で、異なる描画方法・異なる視点で動画を作成したも …
myPrestoのトラジェクトリーファイルからPDBファイルを作成する方法
- 2020年1月25日
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2020/2/23にリリースしたcosgene_pack200223.tar.gzに、新しいtrj2pdbが入っています。UAP180119.tar.gzに入っている古いtrj2pdbを使った方が簡単 …
創薬計算実習会開催のご案内(3月6日）
- 2020年1月15日
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創薬計算支援ソフトMolDesk Screeningを用いた創薬計算の実習会を開催します。MolDeskは、株式会社情報数理バイオが開発した有料のグラフィック・ユーザー・インターフェイス(GUI)ソフ …