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    新型コロナウィルス・メインプロテアーゼのMD計算

    新型コロナウィルス・メインプロテアーゼの分子動力学計算(MD計算)を実行しました。 100psecのMD計算です。 下の3つの動画は、全て同じ計算の結果で、異なる描画方法・異なる視点で動画を作成したも …

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    myPrestoをwebブラウザから実行するサンプル

    myPrestoをwebブラウザから実行するデモページを作成しました。 弊社で用意したサーバーでmyPrestoのプログラムを動かしています。サーバーはMicrosoft Azureのものです。 my …

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    創薬計算演習資料

    創薬計算演習で使用した資料を公開します。 (捜査資料を修正。2020/3/5) 演習 1:ドッキング-1. インフルエンザウィルス・ノイラミニダーゼとタミフル代謝物活性体 演習 2:ドッキング-2. …

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    myPrestoのトラジェクトリーファイルからPDBファイルを作成する方法

    2020/2/23にリリースしたcosgene_pack200223.tar.gzに、新しいtrj2pdbが入っています。UAP180119.tar.gzに入っている古いtrj2pdbを使った方が簡単 …

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    創薬計算実習会開催のご案内(3月6日)

    創薬計算支援ソフトMolDesk Screeningを用いた創薬計算の実習会を開催します。MolDeskは、株式会社情報数理バイオが開発した有料のグラフィック・ユーザー・インターフェイス(GUI)ソフ …

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    HGCスパコンでcosgene_MPIを動かす方法

    HGCスパコンのShrokane5でcosgene_MPIを動かす方法について調べてみた。(2020/1/3現在) myPresto5のサイトからcosgene_pack180227.tar.gzをダ …

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    gfortran 7.xでのcosgeneのコンパイル方法

    cosgene_pack180227.tar.gz(2020/1/2現在の最新版)は、gfortran 7.xを使う場合に、インストール時にエラーとなる。 cosgene_packは、myPresto …

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    膜タンパク質の分子動力学シミュレーション

    膜タンパク質の分子動力学シミュレーションを実行してみました。MolDesk Screening/MolDesk Basic/myPresto Portalの新しいバージョン(ver 1.1.67)に、 …

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    化合物の2D→3D変換手順

    myPresto Potalで、2D情報のmolファイルを読み込んで、水素原子付加・部分電荷付加・2D→3D変換を行う手順について説明します。 JChemPaint等の分子エディタで構造を書いて、mo …

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    myPrestoでのMD計算例2

    myPrestoのcosgeneでのMDの実行例です。 周期境界条件で、タンパク質と低分子化合物との複合体のMD計算実行の例です。 cosgene_pack180227のテスト計算(bin/test_ …

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