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    新型コロナウィルス・メインプロテアーゼのMD計算

    新型コロナウィルス・メインプロテアーゼの分子動力学計算(MD計算)を実行しました。 100psecのMD計算です。 下の3つの動画は、全て同じ計算の結果で、異なる描画方法・異なる視点で動画を作成したも …

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    創薬計算演習資料

    創薬計算演習で使用した資料を公開します。 (捜査資料を修正。2020/3/5) 演習 1:ドッキング-1. インフルエンザウィルス・ノイラミニダーゼとタミフル代謝物活性体 演習 2:ドッキング-2. …

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    創薬計算実習会開催のご案内(3月6日)

    創薬計算支援ソフトMolDesk Screeningを用いた創薬計算の実習会を開催します。MolDeskは、株式会社情報数理バイオが開発した有料のグラフィック・ユーザー・インターフェイス(GUI)ソフ …

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    膜タンパク質の分子動力学シミュレーション

    膜タンパク質の分子動力学シミュレーションを実行してみました。MolDesk Screening/MolDesk Basic/myPresto Portalの新しいバージョン(ver 1.1.67)に、 …

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    化合物の2D→3D変換手順

    myPresto Potalで、2D情報のmolファイルを読み込んで、水素原子付加・部分電荷付加・2D→3D変換を行う手順について説明します。 JChemPaint等の分子エディタで構造を書いて、mo …

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    myPrestoでのMD計算例2

    myPrestoのcosgeneでのMDの実行例です。 周期境界条件で、タンパク質と低分子化合物との複合体のMD計算実行の例です。 cosgene_pack180227のテスト計算(bin/test_ …

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    myPrestoでのMD計算例1

    myPrestoのcosgene_pack180227のテスト計算(bin/MD_4HP0_CAP_cosgene_MPI_4)を実行してみました。1つの短いトラジェクトリーをmyPresto Por …

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    MolDesk サポートページ

    以下のURLに、MolDeskのチュートリアル等を置いています。 https://www.biomodeling.co.jp/moldesk/

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