新型コロナウィルス・メインプロテアーゼの分子動力学計算(MD計算)を実行しました。
100psecのMD計算です。
下の3つの動画は、全て同じ計算の結果で、異なる描画方法・異なる視点で動画を作成したものです。表示していませんが、水分子とNa+,Cl-イオンも計算しています。
PDB ID: 6LU7
温度：300K
アンサンブル：NVT
周期境界条件
使用ソフト：MolDesk Screening (Psygene-Gを使用）
計算機：Microsoft Azure NV6 Promoインスタンス(vCPU 6, GPU 1(M60))