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    HGCスパコンでcosgene_MPIを動かす方法

    HGCスパコンのShrokane5でcosgene_MPIを動かす方法について調べてみた。(2020/1/3現在) myPresto5のサイトからcosgene_pack180227.tar.gzをダ …

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    gfortran 7.xでのcosgeneのコンパイル方法

    cosgene_pack180227.tar.gz(2020/1/2現在の最新版)は、gfortran 7.xを使う場合に、インストール時にエラーとなる。 cosgene_packは、myPresto …

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    膜タンパク質の分子動力学シミュレーション

    膜タンパク質の分子動力学シミュレーションを実行してみました。MolDesk Screening/MolDesk Basic/myPresto Portalの新しいバージョン(ver 1.1.67)に、 …

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    myPrestoでのMD計算例2

    myPrestoのcosgeneでのMDの実行例です。 周期境界条件で、タンパク質と低分子化合物との複合体のMD計算実行の例です。 cosgene_pack180227のテスト計算(bin/test_ …

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    myPrestoでのMD計算例1

    myPrestoのcosgene_pack180227のテスト計算(bin/MD_4HP0_CAP_cosgene_MPI_4)を実行してみました。1つの短いトラジェクトリーをmyPresto Por …

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