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    膜タンパク質の分子動力学シミュレーションを実行してみました。MolDesk Screening/MolDesk Basic/myPresto Portalの新しいバージョン(ver 1.1.67)に、脂質二重膜を作成する機能が追加されました。

    今回は、MolDesk Screening ver.1.1.67を使って、マニュアルに従って系を作成しMDを実行しました。


    実行環境:
    OS: Windows 10 Home
    CPU: Intel Core i7-8565U 1.80 GHz
    RAM: 16GB
    GPU: NVIDIA GeForce MX250
    (GPUが搭載された安いノートPC(約15万円のもの))

    計算対象のタンパク質とリガンド:牛ロドプシン (PDB ID: 1GZM(A鎖+レチナール))
    系に含まれる原子数:44,772個
    計算に使用したプログラム: psygene-G
    シミュレーションで計算した時間:10ps(dt=2.0fs, SHAKE使用)
    10psの計算にかかった時間: 1,087秒(=約18分) (4 CPU core +1 GPUを使用)

    以下の6本の動画は、同じトラジェクトリーを異なる描画方法で動画にしたものです。動画は、MolDesk Screeningで作成しました。
    sample movie 1
    sample movie 2
    sample movie 3
    sample movie 4
    sample movie 5
    sample movie 6