化合物の2D→3D変換手順

myPresto Potalで、2D情報のmolファイルを読み込んで、水素原子付加・部分電荷付加・2D→3D変換を行う手順について説明します。

1. JChemPaint等の分子エディタで構造を書いて、mol形式で保存します。
   

2. myPresto Portalを起動します。
   

3. File → Open Molecular Fileで作成したmolファイルを読み込みます。
   

4. 読み込み直後の画面
   

5. Tree View(左上の枠)のlig1を選択した後に、Command View(左から2番目の枠）の”Add Hydrogens"をクリックします。
   

6. "Add Hydrogens"実行後の画面
   

7. Tree Viewのlig1を選択後に、Command Viewの”Partial Charge"をクリックします。
   

8. 部分電荷付加に使用する方法を選択します。ここでは、Gasteigerを選択します。
   

9. Partial Charge実行後の画面
   

10. Tree Viewのlig1をクリック後に、”Clean Geometry"をクリックします。
    

11. ここでは、Not fixを選択します。（構造の一部を動かさないようにする場合には、Not fix以外を選択します。）
    

12. 構造情報をファイルに出力する場合には、lig1を選択後に右クリックして出てきたメニューの中からファイル形式を選択します。
    

分子シミュレーションで化合物構造情報を使う場合には、上記の手順後に、再度、Partial Chargeをした方が良いでしょう。その際には、Gasteigerではなく、MOPAC AM1BCCの方法を使うと、より適切な部分電荷を付加することができます。さらにもう一度、修正した電荷でClean Geometoryを実行すると良いかもしれません。