HGCスパコンのShrokane5でcosgene_MPIを動かす方法について調べてみた。(2020/1/3現在） myPresto5のサイトからcosgene_pack180227.tar.gzをダ …
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cosgene_pack180227.tar.gz(2020/1/2現在の最新版)は、gfortran 7.xを使う場合に、インストール時にエラーとなる。 cosgene_packは、myPresto …
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膜タンパク質の分子動力学シミュレーションを実行してみました。MolDesk Screening/MolDesk Basic/myPresto Portalの新しいバージョン(ver 1.1.67)に、 …
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myPresto Potalで、2D情報のmolファイルを読み込んで、水素原子付加・部分電荷付加・2D→3D変換を行う手順について説明します。 JChemPaint等の分子エディタで構造を書いて、mo …
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myPrestoのcosgeneでのMDの実行例です。 周期境界条件で、タンパク質と低分子化合物との複合体のMD計算実行の例です。 cosgene_pack180227のテスト計算(bin/test_ …
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myPrestoのcosgene_pack180227のテスト計算(bin/MD_4HP0_CAP_cosgene_MPI_4)を実行してみました。1つの短いトラジェクトリーをmyPresto Por …
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以下のURLに、MolDeskのチュートリアル等を置いています。 https://www.biomodeling.co.jp/moldesk/
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