創薬計算演習で使用した資料を公開します。 (操作資料を修正。2020/3/5) 演習 1:ドッキング-1. インフルエンザウィルス・ノイラミニダーゼとタミフル代謝物活性体 演習 2:ドッキング-2. …
続きを読む
HGCスパコンのShrokane5でcosgene_MPIを動かす方法について調べてみた。(2020/1/3現在） myPresto5のサイトからcosgene_pack180227.tar.gzをダ …
続きを読む
cosgene_pack180227.tar.gz(2020/1/2現在の最新版)は、gfortran 7.xを使う場合に、インストール時にエラーとなる。 cosgene_packは、myPresto …
続きを読む
膜タンパク質の分子動力学シミュレーションを実行してみました。MolDesk Screening/MolDesk Basic/myPresto Portalの新しいバージョン(ver 1.1.67)に、 …
続きを読む
myPrestoのcosgeneでのMDの実行例です。 周期境界条件で、タンパク質と低分子化合物との複合体のMD計算実行の例です。 cosgene_pack180227のテスト計算(bin/test_ …
続きを読む
myPrestoのcosgene_pack180227のテスト計算(bin/MD_4HP0_CAP_cosgene_MPI_4)を実行してみました。1つの短いトラジェクトリーをmyPresto Por …
続きを読む
