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膜タンパク質の分子動力学シミュレーション
膜タンパク質の分子動力学シミュレーションを実行してみました。MolDesk Screening/MolDesk Basic/myPresto Portalの新しいバージョン(ver 1.1.67)に、 …
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化合物の2D→3D変換手順
myPresto Potalで、2D情報のmolファイルを読み込んで、水素原子付加・部分電荷付加・2D→3D変換を行う手順について説明します。 JChemPaint等の分子エディタで構造を書いて、mo …
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slurm+mpich+cudaの設定(CentOS7)
Microsoft AzureのMarketplaceでCentOS7のサーバーを借りてslurm(ジョブスケジューラー）とmpich（MPIの実装）とcuda（GPGPU用ツールキット）の設定方法に …
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過去に開催/担当した講習会等
過去に開催/担当した講習会等(myPresto関連、公開実施分のみ） 2013年07月, 国際学会(ICSG2013-SLS)のワークショップ,北海道大学(札幌) ノートPC&北大のサーバー使 …
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Torque+OpenMPIの設定(CentOS7)
AWSで借りたCentOS7のサーバーにTorqueとOpenMPIを使えるように設定した。 実行環境: CentOS7.7+ AWS(インスタンスはm5a.xlarge) CentOS7のPCをAW …
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twitterアカウント開設
株式会社バイオモデリングリサーチ の公式twitterアカウントを開設しました。 会社からのお知らせを、このtwitterアカウントで発信していく予定です。ぜひフォローをお願いします。 次のURLでア …
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myPrestoでのMD計算例2
myPrestoのcosgeneでのMDの実行例です。 周期境界条件で、タンパク質と低分子化合物との複合体のMD計算実行の例です。 cosgene_pack180227のテスト計算(bin/test_ …
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myPrestoでのMD計算例1
myPrestoのcosgene_pack180227のテスト計算(bin/MD_4HP0_CAP_cosgene_MPI_4)を実行してみました。1つの短いトラジェクトリーをmyPresto Por …
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