2021/1/28にリリースされたGROMACS 2021のインストールと動作検証を、クラウドの計算機を使って実行しました。 比較的小さい系ですが、仮想48CPUコアの計算機で、1nsのMD計算を10 …
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AWSで、CentOS7/8、Ubuntu18/20、AmazonLinux2のデスクトップ環境をそれぞれ作成し、myPrestoPortalの動作検証を行いました。 (2020/9/29) 動作検証 …
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(2021.6.19 修正) 修正前: conda install -c rdkit rdkit 修正後: conda install -c conda-forge rdkit (手順変更に関する詳し …
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Amazon Web Service (AWS)で借りたクラウドサーバーに、分子シミュレーション関係のプログラムをインストールして、リモートデスクトップ接続で利用可能な環境を構築してみました。このペー …
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Ubuntu18.04LTSのクラウドサーバーに、リモートデスクトップ接続する手順の紹介。 今回は、AWSで借りたクラウドサーバーにGNOMEとtigervncをインストールした。 (2020/4/3 …
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2020/2/23にリリースしたcosgene_pack200223.tar.gzに、新しいtrj2pdbが入っています。UAP180119.tar.gzに入っている古いtrj2pdbを使った方が簡単 …
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HGCスパコンのShrokane5でcosgene_MPIを動かす方法について調べてみた。(2020/1/3現在) myPresto5のサイトからcosgene_pack180227.tar.gzをダ …
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cosgene_pack180227.tar.gz(2020/1/2現在の最新版)は、gfortran 7.xを使う場合に、インストール時にエラーとなる。 cosgene_packは、myPresto …
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膜タンパク質の分子動力学シミュレーションを実行してみました。MolDesk Screening/MolDesk Basic/myPresto Portalの新しいバージョン(ver 1.1.67)に、 …
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