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    myPrestoのトラジェクトリーファイルからPDBファイルを作成する方法

    2020/2/23にリリースしたcosgene_pack200223.tar.gzに、新しいtrj2pdbが入っています。UAP180119.tar.gzに入っている古いtrj2pdbを使った方が簡単 …

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    HGCスパコンでcosgene_MPIを動かす方法

    HGCスパコンのShrokane5でcosgene_MPIを動かす方法について調べてみた。(2020/1/3現在) myPresto5のサイトからcosgene_pack180227.tar.gzをダ …

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    gfortran 7.xでのcosgeneのコンパイル方法

    cosgene_pack180227.tar.gz(2020/1/2現在の最新版)は、gfortran 7.xを使う場合に、インストール時にエラーとなる。 cosgene_packは、myPresto …

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    膜タンパク質の分子動力学シミュレーション

    膜タンパク質の分子動力学シミュレーションを実行してみました。MolDesk Screening/MolDesk Basic/myPresto Portalの新しいバージョン(ver 1.1.67)に、 …

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    化合物の2D→3D変換手順

    myPresto Potalで、2D情報のmolファイルを読み込んで、水素原子付加・部分電荷付加・2D→3D変換を行う手順について説明します。 JChemPaint等の分子エディタで構造を書いて、mo …

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    slurm+mpich+cudaの設定(CentOS7)

    Microsoft AzureのMarketplaceでCentOS7のサーバーを借りてslurm(ジョブスケジューラー)とmpich(MPIの実装)とcuda(GPGPU用ツールキット)の設定方法に …

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    Torque+OpenMPIの設定(CentOS7)

    AWSで借りたCentOS7のサーバーにTorqueとOpenMPIを使えるように設定した。 実行環境: CentOS7.7+ AWS(インスタンスはm5a.xlarge) CentOS7のPCをAW …

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    AzureでのクラウドPCセットアップ例

    Microsoft AzureでクラウドPC(仮想マシン)を借りる手順の例を紹介します。 ここでは、Wordpressの練習用やCrowi-plusで使用するサーバーに使うことを想定して、料金が安いサ …

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    WordPressの練習用サーバーセットアップ方法

    ホームページ作成用ソフトWordpressの練習用サーバーを作成してみた。その時に使用したセットアップ手順を紹介する。 今回は、Azureで借りたUbuntu 18.04.2のクラウドPCを使用した。 …

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    クラウドPCにVNCで接続

    AWS で借りた CentOS7 の PC を VNC 接続で利用する方法 創薬支援GUIソフトMolDeskのCentOS7での動作検証を行うために、AWSでCentOS7を借りて使用した際のログ。 …

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