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    GROMCS2021の動作検証

    2021/1/28にリリースされたGROMACS 2021のインストールと動作検証を、クラウドの計算機を使って実行しました。 比較的小さい系ですが、仮想48CPUコアの計算機で、1nsのMD計算を10 …

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    myPrestoPortalのLinuxでの動作状況

    AWSで、CentOS7/8、Ubuntu18/20、AmazonLinux2のデスクトップ環境をそれぞれ作成し、myPrestoPortalの動作検証を行いました。 (2020/9/29) 動作検証 …

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    Amazon Linux2 AMIを使った分子研究用環境構築手順

    Amazon Web Service (AWS) のAmazon Linux 2 AMIを用いた分子研究用環境の構築手順を紹介します。AMIは、Amazon Machine Imageの略で、クラウド …

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    分子シミュレーション環境設定

    Amazon Web Service (AWS)で借りたクラウドサーバーに、分子シミュレーション関係のプログラムをインストールして、リモートデスクトップ接続で利用可能な環境を構築してみました。このペー …

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    Ubuntu18にリモートデスクトップ接続する手順

    Ubuntu18.04LTSのクラウドサーバーに、リモートデスクトップ接続する手順の紹介。 今回は、AWSで借りたクラウドサーバーにGNOMEとtigervncをインストールした。 (2020/4/3 …

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    myPrestoのトラジェクトリーファイルからPDBファイルを作成する方法

    2020/2/23にリリースしたcosgene_pack200223.tar.gzに、新しいtrj2pdbが入っています。UAP180119.tar.gzに入っている古いtrj2pdbを使った方が簡単 …

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    HGCスパコンでcosgene_MPIを動かす方法

    HGCスパコンのShrokane5でcosgene_MPIを動かす方法について調べてみた。(2020/1/3現在) myPresto5のサイトからcosgene_pack180227.tar.gzをダ …

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    gfortran 7.xでのcosgeneのコンパイル方法

    cosgene_pack180227.tar.gz(2020/1/2現在の最新版)は、gfortran 7.xを使う場合に、インストール時にエラーとなる。 cosgene_packは、myPresto …

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    膜タンパク質の分子動力学シミュレーション

    膜タンパク質の分子動力学シミュレーションを実行してみました。MolDesk Screening/MolDesk Basic/myPresto Portalの新しいバージョン(ver 1.1.67)に、 …

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