HGCスパコンでcosgene_MPIを動かす方法

HGCスパコンのShrokane5でcosgene_MPIを動かす方法について調べてみた。(2020/1/3現在）

myPresto5のサイトからcosgene_pack180227.tar.gzをダウンロード。
myPrestoのサイト: https://www.mypresto5.jp
HGCスパコンへアップロード。cosgene_pack180227.tar.gzの置き場所は、書き込み権限がある場所ならどこでも良い。

以下は、次のコマンドでShirokane5にqloginした場合の説明。

qlogin -l os7

intelコンパイラとOpenMPIの環境設定:

module load intelcompiler
module load openmpi/3.1.0-icc

cosgene_pack180227.tar.gzは、GNUコンパイラ(gcc/gfortran ver.7.3)では、インストール時にエラーが発生するので、ここでは、intelコンパイラを使用。GNUコンパイラを使う場合には、cosgeneをコンパイルする際に使用するMakefileを修正して、オプションを追加する必要がある(参考)。GNUコンパイラを使用する場合には、上記環境設定の代わりに以下の環境設定を使用する。

module load gcc    (標準でロード済み)
module load openmpi

cosgene_MPIのインストール:

tar xzvf cosgene_pack180227.tar.gz
cd cosgene_pack180227
bin/install.sh intel
bin/install_cosgene_MPI.sh

bin/install.shの引数にintelを指定すると、intelコンパイラを使用する。install_cosgene_MPI.shを実行するとmpif90を使用してcosgene_MPIをコンパイルする。

cosgene_MPIの実行テスト:

bin/test_MD_4HP0_CAP_cosgene_MPI.sh

実行テストでの計算結果の動画

bin/test_MD_4HP0_CAP_cosgene_MPI.shの出力ディレクトリを圧縮したファイルは、次のリンクをクリックするとダウンロードできる。
test_MD_4HP0_CAP_cosgene_MPI_4.tar.gz
test_MD_4HP0_CAP_cosgene_MPI_4.zip
test_MD_4HP0_CAP_cosgene_MPI_4.zipとtest_MD_4HP0_CAP_cosgene_MPI_4.tar.gzの内容は同じで、圧縮形式が異なるもの。

上の動画では、

cat trajectory_0.cor trajectory_1.cor > trajectory.cor

で作成したtrajectory.corとPro_3_min2.pdb(MDの初期構造)を使用。

myPresto Portalでトラジェクトリを読み込む方法
File -> Import trajecoty



上の動画では、水分子とイオンを非表示にしている。