膜タンパク質の分子動力学シミュレーションを実行してみました。MolDesk Screening/MolDesk Basic/myPresto Portalの新しいバージョン(ver 1.1.67)に、脂質二重膜を作成する機能が追加されました。
今回は、MolDesk Screening ver.1.1.67を使って、マニュアルに従って系を作成しMDを実行しました。
実行環境:
OS: Windows 10 Home
CPU: Intel Core i7-8565U 1.80 GHz
RAM: 16GB
GPU: NVIDIA GeForce MX250
(GPUが搭載された安いノートPC(約15万円のもの））
計算対象のタンパク質とリガンド：牛ロドプシン (PDB ID: 1GZM(A鎖+レチナール)）
系に含まれる原子数：44,772個
計算に使用したプログラム: psygene-G
シミュレーションで計算した時間：10ps（dt=2.0fs, SHAKE使用)
10psの計算にかかった時間: 1,087秒(=約18分) (4 CPU core ＋1 GPUを使用）
以下の6本の動画は、同じトラジェクトリーを異なる描画方法で動画にしたものです。動画は、MolDesk Screeningで作成しました。
sample movie 1
sample movie 2
sample movie 3
sample movie 4
sample movie 5
sample movie 6
